#ChronoTrigger inicia com um pêndulo balançando repetidamente na tela, que gradualmente vai perdendo força até finalmente parar totalmente. O título então emerge junto ao pêndulo. Essa imagem tem uma importância especial, porque, mais a frente como vamos descobrir, o ponto central do jogo, um item chamado de Chrono Trigger, tem o efeito de literalmente parar o tempo. Este não é o método habitual de viagem que temos durante o jogo, de fato, é uma ocorrência de uma só vez que dá sentido a esta tela de título.
Nossa apresentação ao Crono e seu mundo é bem direto para um RPG. Iniciamos com uma visão sobre sua vila, seguido do toque de um sino e sua mãe abrindo a janela do quarto. Ela explica que o som é do sino de Leene. Um pouco mais tarde, diz para o Chrono que está ocorrendo a feira do reino, e que ele deve se encontrar com sua amiga Lucca. Com essa simples apresentação, saímos de sua casa, e então iniciamos os movimentos no jogo.
Quando Chrono visita a feira, ele acaba esbarrando com uma garota na frente da estrutura que sustenta o sino do reino, fazendo com que a garota perca momentaneamente seu pingente. Nesse exato momento, o sino toca. Como descobrimos ao conversar com os cidadãos na feira, é dito que quem escuta o sino tocar, terá garantido a felicidade e uma vida interessante. Crono, educadamente, devolve o pingente à garota. Ela se apresenta com um pouco de hesitação como Marle, e junta-se ao Crono para passear pela feira.
Após visitarem muitas exposições, os dois seguem para a exibição de sua amiga Lucca, onde veem sua mais nova invenção, chamado "telepod", que pode teletransportar pessoas a uma curta distância. Crono torna-se voluntário para experimentar a máquina, e o teste é bem sucedido. Marle ao ver Crono, também quer tentar. No entanto, seu pingente reage de forma estranha, e um portal azul é aberto, sugando Marle para dentro dele. O mesmo se fecha e Marle desaparece junta a ele, restando na área de exibição, apenas seu pingente. O público que assistia a demonstração, foge assustada, e o pai de Lucca se pergunta o porquê de isso ter ocorrido. Crono decide ir atrás de Marle, e segurando seu pingente, solicita à Lucca para que ative novamente a máquina, e então mais uma vez, o portal azul aparece, levando nosso herói ao inicio de sua jornada.
O plano de Crono funciona e ele é transportado para um local muito similar ao reino de Guardia, mas no momento de sua chegada às vilas da cidade, estranha os modos e falas de seus residentes, e logo descobre que está no ano de 600 A.D, 400 anos antes de sua época. Ao visitar o castelo de Guardia, encontra-se com a rainha do reino, que é muito parecida com Marle, e que acaba o convidando para ficar, anunciando que ele, a havia resgatado. Aparentemente, ela estava perdida, e Crono sem entender a situação muito bem, acaba seguindo a rainha, e então descobre que ela é a própria Marle.
Por algum motivo, Marle parece muito com a rainha Leene (que é quem teve seu nome homenageado no sino de Guardia) que está desaparecida, e com isso conseguiu se passar pela rainha. Marle parece feliz, mas no meio da conversa com Crono, ela desaparece novamente.
Felizmente, Lucca aparece para explicar que Marle caiu em um grande paradoxo. Ela é a atual princessa do reino de Guardia do ano de 1000 A.D, Nadia. Ela estava se passando como uma garota normal para aproveitar a feira. Isso faz dela, descendente de Leene. Por causa da Marle estar se passando por Leene, as buscas por seu desaparecimento foram canceladas, e com isso mudou a história, fazendo com que ela nunca fosse encontrada e sua linhagem real não ter prosseguido, acarretando no desaparecimento de Marle também. A partir disso, Crono e Lucca partem para encontrar Leene.
Com poucas pistas sobre o paradeiro da rainha, Crono e Lucca acabam na catedral do reino, onde encontram o broche de corais de Leene. Após o achado, as freiras começam a mudar seu comportamento, e revelam suas verdadeiras formas de monstros e atacam a dupla. Após acharem que já haviam acabado com todos os monstros, eles são salvos de uma emboscada por um ser bípede, que ao mesmo tempo tem forma humana mas rosto, pele e toda aparência de um sapo. Lucca, inicialmente é contra a idea de se aliar ao sapo, mas acaba cedendo e concordando que ele irá ser de grande ajuda, embora tenha medo de sua aparência. O estranho cavaleiro não diz o seu nome, e apenas diz que podem chamá-lo de Frog por agora. Nesse momento, gostaria de apontar que já por uma segunda vez, um personagem que se alinha à Crono, prefere dar um nome falso à permitir que saiba seu verdadeiro nome. Frog é um cavaleiro portador de espadas longas, e como estamos simbolizando a idade média, seu dialeto compõe muito bem o personagem, que utiliza do inglês arcaico para se manifestar.
Os três aventureiros encontram nas profundezas da catedral, um templo dedicado a Magus, um personagem vil dessa época que traz medo a todos os residentes do reino de Guardia. Magus é o líder dos Misticos, inimigos da grande e atual guerra contra o reino. No caminho pelo templo, eles encontram monstros que conseguem replicar a aparência do rei e da rainha, assim como fizeram com as freiras pouco antes, que tentam convencer eles que sua missão está concluída e que já podem partir.
Os três acabam derrotando Yakra, que se descobre ser um monstro a serviço de Magus que estava se passando pelo chanceler do reino de Guardia. Foi ele quem capturou Leene. Após seu resgate, Leene agradece a todos, mas Frog culpa a si mesmo pelo rapto da rainha e acaba deixando o reino, fazendo referência às habilidades de Crono e como ele irá progredir muito se continuar com um forte treinamento. Marle reaparece e comenta que durante o tempo que houvera desaparecido, esteve em um lugar solitário, escuro e frio. Menciona que sentia como se fosse morrer. Lucca a confronta com sua verdadeira identidade como princesa, e Marle argumenta que se houvesse dito à Crono sobre sua realeza, ele não deveria ter aceitado a ficar em sua companhia na feira.
De volta ao portal, localizado no bosque em 600 A.D, Lucca explica que conseguiu desenvolver um dispositivo que pode desbloquear os portões de viagem pelo tempo. Ela não sabe, no entanto, explicar por que da existência destes portais em primeiro lugar. O dispositivo funciona, e os três retornam para o reino de Guardia em 1000 A.D. Marle quer que Crono a leve para o castelo, e ele acaba concordando. Quando os dois chegam, no entanto, o Chanceler ordena para os guardas reais prenderem o Crono. O herói é acusado de raptar a princesa e será julgado por ter cometido esse crime contra a realeza.